Organizacija Zavoda

– Odjel za opću kirurgiju (prim.dr. Petar Kirac)
– Odjel za gastroenterologiju i hepatobilijarno-pankreatičnu kirurgiju
(prof.dr.sc. Miroslav Bekavac-Bešlin)
– Odjel za koloproktologiju (prof.dr.sc. Marko Doko)
– Odjel za traumatologiju (prof.dr.sc. Aljoša Matejčić)
– Odjel za vaskularnu kirurgiju (prof.dr.sc. Drago De Syo)
– Odjel polikliničke službe (prim.dr. Duško Hamel)
– Odjel torakalne kirurgije (prim.dr. Nikola Karapandža)
– Odjel operacijski blok (prof.dr. Mario Ledinsky)

Na Kirurškoj klinici godišnje se obavi cca 4000 operacijskih zahvata. Na klinici se obavlja kompletan spektar abdominalnih operacija, izuzev transplantacije organa. Uvedena je miniinvazivna endoskopska kirurgija.
U razvijenoj vaskularnoj kirurgiji radi se i endoskopski zahvati, kao i bypass in situ i valvuloplastika na venama ekstremiteta. Uz akutnu traumu na Traumatološkom odjelu ugra?uju se i sve vrste endoproteze kuka. Na Odjelu torakalne kirurgije uz rješavanje malignoma pluća vrše se i zahvati na jednjaku. Na Općem odjelu uz opću kiruršku problematiku operiraju se i tumori dojke.
Na Klinici je od 1969. ugrađeno više tisuća trajnih elektrostimulatora srca, a od 1993. ugrađuje se i automatski kardioverter defibrilatori, jedini u Hrvatskoj i u ovom dijelu Europe. U suradnji s endokrinološkim odjelom Interne klinike, operiraju se svi tumori endokrinog sustava.
U poliklinici osim hitne službe, djeluju subspecijalističke ambulante u kojima se obavlja endoskopska dijagnostika i terapija.
Klinika je nastavna baza Medicinskog i Stomatološkog fakulteta, te se obavlja specijalistička edukacija i polažu specijalistički ispiti iz opće kirurgije.
Profesori i docenti sudjeluju u dodiplomskoj i poslijediplomskoj nastavi na Medicinskom i Stomatološkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu.